Die erste Orgel der Seegefelder Kirche wurde 1845 vom Potsdamer Orgelbauer G. Heise aufgestellt. Sie fand ihren Platz im Osten der Kirche im damaligen Altarraum und kostete 492 Thaler. Im Kirchenarchiv finden sich Unterlagen darüber, dass Witwe Heise davon 38 Thaler, 27 Groschen und 6 Pfennig von der Gemeinde einklagen musste.

Auch nach zweimaligem Umbau bzw. Erweiterung durch die Firma Lütkemüller 1865 und Walcker 1919/20 genügte die Orgel den Anforderungen nicht mehr und wurde erstetzt. Nach langem Ringen um Ausstattung und Finanzierung wurde 1928 duch die Firma Kemper und Sohn (Lübeck) eine neue Orgel auf der Ostempore aufgestellt. Disposition und Mensur erstellte H.H Jahnn aus Hamburg. Die hohen Erwartungen an die so genannte Reformorgel wurde von Anfang an nicht erfüllt. Neben kleinen technischen Fehlern war man in Seegefeld enttäuscht über den insgesamt schwachen Klang, der "rettungslos im Gemeindegesang ertrank", wie  das die damalige Organistin Hedwig Willms ausdrückte. Nachbesserungen und Erweiterungen konnten keine Abhilfe schaffen, so dass man schon 1952 eine neue Orgel plante.

Deshalb wurde 1952 die Orgelbaufirma A. Schuke in Potsdam um einen Orgelneubau angefragt. Dieser erfolgte 1956 auf der dem Altar gegenüberliegenden umgebauten Südempore.

Am 4. November 1956 war es dann soweit: die neue Schuke-Orgel wurde feierlich eingeweiht.

Wegen der Arbeiten am Dachstuhl der Kirche - dort befand sich die Windanlage - konnte die Orgel seit Ende 1988 nicht mehr gespielt werden. Sie musste Anfang 1991 ausgebaut werden, um für die Erneuereung der Krichendecke Platz zu schaffen. Durch eine sehr großzügige und viele andere private Spenden, durch Kollekten, durch eine Beihilfe des Kirchenkreises Falkensee und durch finanzielle Unterstützung durch die Mittelbrandenburgische Sparkasse in Potsdam, sowie die Firma " Erdgas Mark Brandenburg" in Potsdam wurde es möglich, die Orgel, aus akustischen Gründen, im Osten der Kirche wieder aufzustellen.

Nach vorbereitenden Arbeiten an der Ostempore und dem neuen Podest steht nun die "Königin der Instrumente" seit dem ersten  Advent 1999 wieder der Kirchengemeinde "Zum Lobe Gottes und zur Rekreation" (J.S. Bach) zur Verfügung.